Quem é Microempreendedor individual pode sim, inserir um nome fantasia no MEI. Vasculhei pela internet e inclusive encontrei o passo a passo no portal do empreendedor!

1) Primeiro é necessário gerar um código de acesso clique aqui: Gerar Código
Para gerar o código, é necessário informar o CNPJ, o CPF, o Titulo de Eleitor ou número do recibo da Declaração de Imposto de Renda de Pessoa Física do ano atual ou anterior, e a Data de Nascimento.
Guarde o código gerado caso precise posteriormente.

2) Agora acesse aqui a página de Alteração de Dados Cadastrais utilizando o código, CPF e CNPJ.
Para fazer as alterações você tem que clicar no lápis.
Ao finalizar as alterações é necessário marcar as três declarações ao final da página e clicar no botão “Continuar”.
Em seguida vai aparecer uma tela de conferência de dados. Confira os dados apresentados e clique em “Confirmar”. Confirme a alteração dos dados de sua inscrição clicando no botão “Enviar”.

3) Então será apresentado um novo Certificado da Condição de Empreendedor Individual – CCMEI. Imprima o CCMEI imediatamente com as devidas alterações e guarde para futura referência.

Caso precise imprimir novamente o CCMEI, acesse a página de Emissão do CCMEI uma hora após a sua formalização.
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